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snapgene軟件最新版作為日常分子生物學(xué)工具,支持進(jìn)行兩個或多個序列的對比,能夠顯示和復(fù)制氨基酸序列,可以設(shè)計(jì)引物,能夠?qū)⒌鞍仔蛄性趺捶g成氨基酸,還能顯示圖譜,在生物醫(yī)藥方面有非常高的實(shí)用價值!
SnapGene 中文版是一款適用于 Windows 系統(tǒng)的有關(guān)分子生物學(xué)的軟件,它模擬了 Clontech 的 In-Fusion 克隆技術(shù),只需選擇您想要融合的 DNA 片段,即可設(shè)計(jì)引物,是創(chuàng)建無縫基因融合的一種非常通用的方法。SnapGene 還簡化了吉布森裝配反應(yīng)的計(jì)劃,并自動化了底漆設(shè)計(jì),通過 PCR 擴(kuò)增待連接的 DNA 片段以產(chǎn)生重疊末端。
In-Fusion 克隆
Clontech 的 In-Fusion 克隆技術(shù)是創(chuàng)建無縫基因融合的一種非常通用的方法。 SnapGene 是第一個模擬此程序的軟件。 只需選擇您想要融合的 DNA 片段,SnapGene 即可設(shè)計(jì)引物。
限制性克隆
SnapGene 獨(dú)特的限制克隆界面以干凈的布局顯示您需要的信息?寺〕绦虻囊(guī)劃從來沒有這么簡單過。如果你已經(jīng)知道你想做什么,克隆模擬只需要幾秒鐘。如果克隆過程存在設(shè)計(jì)缺陷,則可以在模擬過程中捕獲并糾正錯誤。
瓊脂糖凝膠電泳
napGene 使用一種先進(jìn)的算法來創(chuàng)建真實(shí)的瓊脂糖凝膠模擬。限制性片段以三種形式顯示:模擬凝膠、數(shù)值列表和序列圖。您可以使用模擬凝膠計(jì)劃診斷限制摘要,或?qū)?shí)際凝膠圖像與預(yù)測模式進(jìn)行比較。
Gibson Assembly
許多研究人員轉(zhuǎn)向 Gibson 組裝,在不使用限制性酶的情況下將片段插入質(zhì)粒中。待連接的 DNA 片段通過 PCR 擴(kuò)增以產(chǎn)生重疊的末端。SnapGene 簡化了Gibson組裝反應(yīng)的計(jì)劃,并自動化了引物設(shè)計(jì)。
聚合酶鏈反應(yīng)與誘變
設(shè)計(jì)引物后,它們可以用來模擬常規(guī) PCR、重疊延伸 PCR 或誘變。得到的DNA序列文件可立即用于進(jìn)一步操作。與限制克隆界面一樣,以引物為中心的界面以直觀的方式顯示關(guān)鍵信息。
自動保存
SnapGene 最令人驚訝的是它自動記錄了克隆項(xiàng)目中的步驟。每次編輯序列或模擬克隆、PCR 或誘變時,程序都會自動記錄在圖形歷史中。在模擬 DNA 構(gòu)建體的創(chuàng)建之后,您可以使用歷史作為實(shí)驗(yàn)方案。
酶位點(diǎn)
SnapGene 以清晰的方式突出限制位點(diǎn),自動標(biāo)記甲基化阻斷的位點(diǎn)。簡單的控制可以讓你選擇有用的酶組,比如“獨(dú)特的切割器”,或者定義自定義酶組和首選供應(yīng)商。信息工具提示提供關(guān)鍵數(shù)據(jù)。“限制酶”窗口顯示了數(shù)百種商用酶的詳細(xì)特性。
方法一:打開SnapGene,在頂部菜單里,單擊【Help】→ 【Language】
方法二:點(diǎn)擊SnapGeneLaunch窗口中的【Flag】(國旗)按鈕,也可以選擇語言進(jìn)行設(shè)置。
選擇中文以后,退出重啟SnapGene即可
重啟SnapGene后就可以看到彈窗提示已經(jīng)切換成簡體中文啦
PI 和實(shí)驗(yàn)室管理器的好處
更快地獲得結(jié)果
實(shí)驗(yàn)室中的人員將不再使用有缺陷的克隆程序浪費(fèi)時間,并將在第一時間開始獲得正確的構(gòu)造。
花更少的時間教人們?nèi)绾慰寺?/p>
SnapGene 是一個很好的教學(xué)工具,甚至新手克隆人也會很快學(xué)會如何自己解決問題。
存錢
即使是有經(jīng)驗(yàn)的科學(xué)家也會犯錯 通常,至少 10% 的程序由于計(jì)劃錯誤而失敗,從而導(dǎo)致浪費(fèi)時間和材料。使用 SnapGene 可以防止這些損失,SnapGene 將多次收回成本。
保持更好的實(shí)驗(yàn)室記錄
SnapGene 自動生成每個序列編輯和克隆過程的記錄,因此即使在實(shí)驗(yàn)室成員離開后,您也不會忘記構(gòu)造的構(gòu)建方式。
為學(xué)生,博士后和技術(shù)人員帶來的好處
工作更快,更聰明
SnapGene 使您的 DNA 操作易于可視化和模擬,并在錯誤發(fā)生之前提醒您。
保持記錄不費(fèi)吹灰之力
SnapGene 中的每個 DNA 操作都會自動記錄,因此您可以準(zhǔn)確地看到您所做的操作并檢索祖先結(jié)構(gòu)的序列。
隨時隨地學(xué)習(xí)
如果您不熟悉克隆或特定技術(shù),豐富直觀的 SnapGene 界面可幫助您了解其工作原理。
輕松與世界各地的同事共享數(shù)據(jù)
SnapGene 的 .dna 文件可以通過免費(fèi)的跨平臺 SnapGene Viewer 打開,使您能夠與同事共享豐富的帶注釋的地圖和序列。
對行業(yè)的好處
操作快點(diǎn)
借助 SnapGene 直觀的用戶體驗(yàn),強(qiáng)大的可視化和仿真工具以及錯誤預(yù)防功能,您公司的研發(fā)工作將更快地進(jìn)行。
保持記錄不費(fèi)吹灰之力
SnapGene 自動生成每個序列編輯和克隆過程的豐富圖形歷史記錄,因此您永遠(yuǎn)不會忘記構(gòu)造的構(gòu)建方式。
獲得您現(xiàn)在和將來所需的功能
SnapGene 正在積極開發(fā)中,由工作科學(xué)家設(shè)計(jì)。我們不斷發(fā)布新功能和增強(qiáng)功能,并根據(jù)客戶反饋確定優(yōu)先級。
擁有您的數(shù)據(jù)并保護(hù)您的 IP
SnapGene 不會將您鎖定到特定的文件格式或數(shù)據(jù)存儲位置,因此您始終可以控制數(shù)據(jù)。桌面許可方法可確保您的數(shù)據(jù)在公司防火墻和公司硬件之后的安全。
無縫實(shí)施
SnapGene 支持大量文件格式。因此,您的科學(xué)家可以完全切換到 SnapGene 而不會丟失數(shù)據(jù),或者可以繼續(xù)使用遺留軟件和 SnapGene 而不會發(fā)生沖突。
IT 部門的好處
您可以在整個站點(diǎn)范圍內(nèi)實(shí)施我們靈活的許可選項(xiàng),也可以從小規(guī)模開始實(shí)施,并以可訪問的價格增長。
1.需要準(zhǔn)備一條目的基因序列(fasta格式),通過SnapGene軟件打開。點(diǎn)擊Map選項(xiàng)卡,選中CDS的區(qū)域(如果這個文件為cds序列,則全部選中;若cds是片段,則選中cds的片段部分)
2.點(diǎn)擊上方feature-Add feature,給CDS區(qū)域加上feature;
3.設(shè)置feature,點(diǎn)擊Type-CDS-OK,設(shè)置完畢;
4.點(diǎn)擊Action-Make protein,得到氨基酸序列;
5.點(diǎn)擊Sequence即是需要氨基酸的序列,可以保存為prot文件,也可以復(fù)制保存為fasta格式文件
總結(jié),要將DNA核苷酸序列轉(zhuǎn)換為氨基酸序列,只需要選中一段序列,隨后feature,點(diǎn)擊Type-CDS-OK即可。
1.打開SnapGene,直接將txt拖入snapgene起始界面。
2.SnapGene將自動識別txt中的每個序列,并將其拆分成為單獨(dú)的序列文件,點(diǎn)擊“Import”,軟件將生成一個文件夾,文件夾中含有txt中的每一個FASTA序列。
3. 用SnapGene打開任意一個序列(推薦打開文件大小最大的),選擇Tools菜單欄中的“Align Multiple Sequences”功能(快捷鍵Ctrl+L)
4. 在彈出的窗口中,將剩下幾個序列都選中,點(diǎn)擊“打開”,SnapGene將對選中的序列進(jìn)行多重比對:
5. 比對結(jié)果如下圖所示,在下方的Map標(biāo)簽頁,我們能夠看到這幾個轉(zhuǎn)錄變體同源及非同源區(qū)域所在的位置,非同源區(qū)域以空白或者三角顯示,同源序列以藍(lán)色顯示。
6. 點(diǎn)擊下方的Sequence標(biāo)簽頁,我們能夠看到具體的比對結(jié)果信息:
7. 我們可以用鼠標(biāo)選中綠色的區(qū)域,復(fù)制、粘貼就得到了這幾個轉(zhuǎn)錄變體的同源序列了。
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